O setor de Micologia Clínica divide muitas opiniões no que se refere ao seu funcionamento e enquadramento dentro do setor de Microbiologia Clínica. Neste ramo de análise laboratorial, estudam-se, diagnosticam-se e pesquisam-se as doenças provocadas por fungos. Sabe-se que fungos são organismos morfologicamente e fisiologicamente diferentes de bactérias, por isso não é recomendável que estes dois setores colidam e atuem em um mesmo ambiente. O controle de biossegurança em bacteriologia é um contr